Il sistema di comunicazione di Alpha viene invaso da messaggi incomprensibili: segni misteriosi scorrono su tutti gli schermi a incredibile velocità.
Un'Aquila viene inviata a ispezionare il punto da cui arrivano i segnali; i piloti fanno appena in tempo a segnalare un corpo celeste simile a un anemone, poi l'astronave viene avvolta da una specie di schiuma e scompare.
Una seconda Aquila, con a bordo
Carter e Kelly, viene sfiorata da un meteorite, che si schianta sulla Luna vicino alla base.
Mentre Kelly esce nello spazio per cercare l'Aquila, il professor
Bergman e il dottor
Russell esaminano il meteorite, che si rivela essere l'astronave perduta, ridotta a un ammasso informe di metallo, combustibile e tessuto umano.
Koenig ordina a Carter di rientrare, ma questi, non ricevendo risposta da Kelly, esce a sua volta per recuperarlo.
Kelly è come in trance e sembra ipnotizzato dalla girandola di luci e colori provenienti dall'astro sconosciuto. Ricoverato al Centro medico, il suo cervello appare in preda a una frenetica attività. Più tardi, Kelly si alza e va al computer, dove comincia a programmare con sorprendente rapidità. Aggredisce chiunque tenti di fermarlo e si ferma solo quando viene colpito da un laser.
Bergman scopre che la Luna si sta dirigendo inesorabilmente verso il misterioso corpo celeste; per evitare la collisione, Koenig e Carter fanno decollare un'Aquila carica di ordigni nucleari.
Koenig si sottopone a un esperimento: per comprendere che cosa stia succendendo a Kelly, fa collegare elettronicamente il proprio cervello al suo. Scopre così che l'astro è una entit` viva, un vero e proprio cervello spaziale, dal cui funzionamento dipendono forse milioni di mondi. Il cervello sta cercando di capire, attraverso Kelly e il computer della base, se gli Alfani sono in grado di cambiare la rotta della Luna.
Poco dopo arrivano le istruzioni: si tratta di far esplodere alcune cariche nucleari in modo da far deviare il satellite dalla sua traiettoria. Ma le cariche nucleari si trovano sull'Aquila diretta contro il cervello.
Morrow cerca di riportare l'astronave su Alpha, ma un guasto improvviso gli fa perdere il controllo dell'Aquila, che ora rischia di far esplodere le cariche sulla base.
Koenig decolla, aggancia l'Aquila e riesce a disattivare i detonatori, ma non a deviare l'astronave, che comunque cade sulla superficie lunare senza gravi conseguenze.
Mentre Koenig rientra alla base, una strana schiuma, la stessa che aveva distrutto la prima Aquila, comincia a scendere sulla Luna, coprendo ogni cosa. Koenig ordina di evacuare le strutture di superficie e di aumentare la pressione interna, ma le vetrate cominciano a cedere. Kelly, ricoverato al Centro medico, muore per la mancanza di energia e viene coperto dalla schiuma.
Alpha è ormai completamente invasa dalla schiuma, quando una serie di esplosioni scuotono la superficie: la Luna è passata come una pallottola attraverso il cervello spaziale, che probabilmente ha avuto la peggio.
