John Koenig è il nono comandante della Base lunare Alpha. Prende servizio poco prima che la Luna abbandoni la sua orbita.
Astrofisico americano, ottimo astronauta e pilota, è un uomo carismatico e dal carattere deciso, costantemente preoccupato della salvezza dei suoi uomini. Pur essendo prevalentemente un uomo di azione, nei momenti di calma si abbandona a meditazioni sull'esistenza umana e il rapporto con l'universo. Tra i suoi hobby ci sono gli scacchi, il kendo e i puzzle.
Non è sposato, ma non è un mistero la sua ammirazione per il dottor Helena Russell, che sconfina probabilmente in una vera e propria attrazione. E' inoltre un vecchio amico del professor Bergman.
Era uno dei due candidati alla guida della missione Ultra, nel 1996, ma al suo posto venne scelto Tony Cellini (Il dominio del drago).
In un futuro alternativo, sposa Helena Russell e, qualche anno più tardi, muore precipitando sulla superficie lunare (Un altro tempo, un altro luogo).